Il museo è ospitato nel seicentesco chiostro dell’ex convento dei Domenicani.

Sezione Archeologica
La sezione espone reperti provenienti da scavi e ritrovamenti nel territorio sandanielese. Di particolare rilievo sono i manufatti della necropoli della cava, risalenti al I secolo d.C. che includono ceramiche, utensili in osso, monili in bronzo e argento, monete e oggetti in vetro. Sono presenti anche materiali provenienti da ville rustiche di epoca romana come anfore, frammenti di laterizi e utensili agricoli.
Sezione Arte Sacra
La collezione comprende opere significative, tra cui sculture lapidee come una Natività di Francesco da Milano e una Madonna del Carmine di Eugenio Pini risalente al XVI-XVII secolo. Tra i polittici spicca l’Altare veneziano in legno dorato e intagliato del 1441 attribuito a Paolo di Amedeo e Michele Giambono. Degno di nota è anche il Compianto sul Cristo morto del 1488, opera dello scultore bavarese Leonardo Thanner, attivo in Friuli nella seconda metà del Quattrocento e creato per la Chiesa della Fratta che fu custodito tra il Monte di Pietà (1797-1920) e la Chiesa di Sant’Antonio (1920-1990) fino ad arrivare a essere custodito all’interno del Museo.
Sezione Ebraica
Questa sezione conserva documenti scritti e fotografici della presenza ebraica a San Daniele del Friuli dal Cinquecento fino ai primi decenni del Novecento e rappresenta una componente significativa della storia locale. Insediatasi stabilmente a partire dal XVI secolo, la comunità svolse un ruolo rilevante nella vita economica e sociale della cittadina, in particolare attraverso l’attività di prestito su pegno e il commercio. Nel tempo, famiglie come i Nantua, i Luzzatto e i Gentilli contribuirono allo sviluppo del territorio, vivendo integrate nel tessuto urbano e sociale. Dopo fasi alterne, segnate da espulsioni e rientri, la comunità si ridusse progressivamente fino a confluire nei nuclei di Udine e Gorizia. La presenza del cimitero ebraico settecentesco conserva la memoria più tangibile di una presenza lunga e profondamente intrecciata alla storia di San Daniele.
Sezione lasciti
Il patrimonio del museo si è formato grazie a importanti lasciti che raccontano storie di legame profondo con San Daniele del Friuli. Dalla collezione di Giuseppe Vidoni, composta da opere d’arte, arredi e oggetti che ricreano l’ambiente domestico dell’illustre studioso, alla donazione del maestro fonditore Erasmo Contardo, con medaglie e cofanetti che celebrano artisti e luoghi del Friuli, fino al lascito del pittore Giacinto Gattoli, autore di intense vedute del territorio e di opere di grande valore storico-artistico. Un insieme eterogeneo che arricchisce il museo e ne rafforza il ruolo di custode della memoria e della creatività locale.